اين بخش در آزمايشگاه از اولين ساعات شروع به كار روزانه فعال مي‌باشد و توسط 2 كارشناس مجرب در هر 2 شيفت كاري مركز فعال است.
از آنجا كه در اين آزمايشگاه جهت آزمايش‌هاي كشت به مراجعين ظرف جداگانه تحويل داده مي‌شود، نمونه‌هاي اين بخش بدون اتلاف وقت انجام مي‌گردد.
در اين بخش علاوه بر كشت مايعات بدن، كشت از زخم و انجام آزمايش‌هاي مستقيم قارچ نيز انجام مي‌شود.
مطابق ساير بخش‌هاي اين آزمايشگاه جهت واحد ميكروب شناسي نيز برنامه‌ي كنترل كيفي بسيار جامع و منسجمي براساس الزامات مرجع سلامت و ساير استانداردهاي آزمايشگاهي معتبر تهيه و تدوين شده كه به شكل روزانه توسط مسئول واحد ميكروب شناسي ، مسئول كنترل كيفي و مسئول تضمین کیفیت جهت مميزي و بازرسي اجرا و نظارت مي‌گردد.